Saga do Executivo do Conselho Estudantil
A série começa com o anúncio da eleição de Medaka Kurokami como Presidente do Conselho Estudantil. Ela prontamente põe seu amigo de infância Zenkichi Hitoyoshi para ajudá-la como Gerente de Assuntos Gerais do Conselho de Estudantes. Juntos, o casal responde a inúmeros pedidos, de encontrar cães perdidos para a limpeza de edifícios do clube e até mesmo fixa personalidades. Logo, eles são unidos por Kouki Akune, anteriormente do Judo Club, que se torna o rival Student Secretário Conselho e Zenkichi pelo afeto de Medaka, e mais tarde Mogana Kikaijima, membro do Clube de Natação que se torna o Tesoureiro do Conselho Estudantil. Não é muito antes de métodos pouco ortodoxos do Conselho Estudantil começar a reunir o tipo errado de atenção: a dos moral pública Comitê, e seu líder, Myouri Unzen; considerado um super-humano no mesmo nível como Medaka.
Saga da festa treze
Hakama Shiranui, o presidente da Hakoniwa Academy, revela ao Conselho Estudantil uma conspiração do governo para estudar e tentar recriar artificialmente super-humanos no mesmo nível como Medaka Kurokami. Formalmente chamado Abnormals, Medaka rapidamente descobre que ela não é a única anormal na academia, muito menos o mundo. Na verdade, essas crianças anormais são intencionalmente sendo trazidos juntos como Classe da academia 13, a fim de estudá-los e tentar recriar suas habilidades; o Plano Flask. No entanto, uma vez que tal método é encontrado, os alunos da Academia Hakoniwa serão obrigados a suportar os experimentos julgamento viciosos, o que resultará na morte da maioria dos estudantes. Medaka resolve a opor-se ao Plano Flask, e ela e os outros membros do Conselho de Estudantes descer em instalações subterrâneas da academia para desafiar os Abnormals participantes do plano; o temível Treze Parte. Após uma série de batalhas difíceis em que Medaka própria Anormalidade é finalmente identificados, o Conselho de estudante é capaz de pôr fim ao Plano Flask. Seu sucesso é de curta duração no entanto, como o presidente imediatamente cai para trás em um novo método para o Plano Flask centrado em torno Misogi Kumagawa, a única pessoa ainda Medaka não pôde salvar.
Saga do Incidente de Kumagawa
Os novos inimigos são um subgrupo de Abnormals conhecidos como Pontos negativos; Anormais que não são meramente desequilibrado devido à solidão de ser melhor do que os seres humanos normais, mas realmente horríveis, pessoas perturbadas com potências que desafiam a lógica e física para combinar. Estes novo grupo de inimigos juntos como Classe -13, liderado por Misogi Kumagawa, que, usando uma regra da escola, ameaça usurpar Medaka Kurokami Conselho estudante com um dos seus próprios, permitindo-lhe alcançar seu objetivo final de reunir os alunos de elite da academia em conjunto, e matando todos eles. Medaka aceita seu desafio, e os dois Conselhos Estudantis se enfrentam em uma série de cinco batalhas para determinar qual o município vai assumir o controle da escola. Com aliados antigos e novos, o Conselho de estudante progride através dos desafios, com Medaka finalmente derrotar Kumagawa na última partida, e com sucesso reformas lhe. Classe -13 é formalmente aceito na academia, e Medaka convida Kumagawa para se tornar o vice-presidente do Conselho Estudantil, uma posição que aceita após o incentivo de Zenkichi Hitoyoshi. Como o Conselho de Estudantes comemora sua vitória, o misterioso "Two atrasada", os estudantes de transferência restantes convidados pelo Presidente, chegam na academia. Que consiste na misteriosa Najimi Ajimu e Hanten Shiranui, o par se rotulam como não iguais; aqueles que estão acima de ambos Abnormals e contras.
Saga do Successor de Medaka Kurokami
Najimi Ajimu introduz o Não Igual ao Conselho de estudante, deixando claro sua intenção de reiniciar o Plano Flask uma vez Medaka Kurokami graduados. Medaka e seu Conselho de Estudantes, agora com Misogi Kumagawa em seus rankings, tentar parar renascimento do plano através da formação de cinco estudantes do ensino médio para se tornar seus sucessores. No entanto, Ajimu revela um dos novos recrutas é na verdade um membro da não iguais; embora o Conselho de estudante descobre, em última instância, que todos os cinco não são iguais, assim como meninas normais. Medaka organiza para os internos para ir em uma caça ao tesouro, como parte da sua formação, embora os membros originais do Conselho de Estudantes são logo amarrado em participar também. Com a exceção de Zenkichi Hitoyoshi, todos eles fazê-lo através da caça ao tesouro, e com o trabalho em equipe, conseguem derrotar Medaka, com Mogana Kikaijima reclamar o prémio. Ao descobrir que Zenkichi nunca fez isso após o primeiro julgamento no entanto, Medaka vira as costas para ele. Ajimu então revela que seu verdadeiro plano era para quebrar o vínculo entre Medaka e Zenkichi; Zenkichi foi o único normal que poderia ficar ao lado de Medaka, mas com a introdução dos internos, Zenkichi perdeu o seu valor em seus olhos. Ajimu se oferece para fazer Zenkichi um "personagem principal" para que ele possa derrotar Medaka e ganhar seu respeito ..., tornando-se o novo assunto de teste para o Plano Flask. Zenkichi concorda e decide se opor Medaka. O Plano Flask é finalmente bem sucedida, e Zenkichi derrota Medaka na eleição presidencial. Como seu último ato como presidente, Medaka santifica o Plano Flask. No entanto, o Ajimu vitoriosa tenta cometer suicídio, apenas para ser parado por Medaka. Medaka revela que Ajimu sempre quis o Plano Flask a falhar, como ela nunca tinha encontrado nada impossível em sua existência infinita. reformas medaka Ajimu, prometendo-lhe que ela nunca vai deixá-la morrer; portanto, a morte de Ajimu se tornará a impossibilidade ela vem buscando. selo de Kumagawa desaparece, Ajimu é aceito como um calouro da classe 13, e Medaka mãos braçadeira do presidente sobre a Zenkichi. Em seguida, ela o beija, dizendo-lhe que ela caiu para ele.
Saga Jet Black Bride
Aliviado de seus deveres como chefe do Conselho de Estudantes, Medaka Kurokami desfruta seus dias como um estudante normal até que ela é informada do início do "Jet Black Festa de Casamento", uma batalha real entre os representantes das sete famílias de filial do Grupo Kurokami para o direito de se tornarem Medaka marido e o sucessor da família principal. Por ter concorrente Kamome TSURUBAMI renunciar ao seu convite para ela, Medaka se junta a competição determinado a derrotar seus pretendentes e ganhar o direito de continuar a viver a sua vida livremente. Ao saber de sua situação, Zenkichi Hitoyoshi e seu novo Conselho de Estudantes começam a olhar para ela. Como os pretendentes são eliminados da Festa, eles ficam para trás para enfrentar o Conselho de Estudantes, tentando impedir Zenkichi partir reunir com Medaka. Em última análise, Zenkichi alcança Medaka, mas é tomado como refém, forçando Medaka para competir com os últimos três pretendentes em um jogo de palavras de "Excluir Shiritori". O jogo termina com Medaka forçando o último pretendente a dizer "rendição", acabando com a festa do casamento Jet Black. Juntamente com Zenkichi e seus amigos, Medaka retorna ao Hakoniwa Academy.
Saga do Shiranui Desconhecido
Agora formalmente contratado para Zenkichi Hitoyoshi, Medaka Kurokami tenciona adoptar uma abordagem mais tradicional à sua relação. No entanto, ela logo descobre que Hansode Shiranui desapareceu a escola e memórias de todos. Uma reunião com Najimi Ajimu revela o que aconteceu, e junto com Zenkichi (o único outro estudante que ainda se lembra Shiranui), Medaka sai em busca de seu duplo antigo. Medaka e Zenkichi descobrir que ela é tornar-se o próximo anfitrião para Iihiko Shishime, um ser 5000 anos de idade, e partiu para derrotá-lo. Depois de aprender a verdade por trás dos estilos e Medaka outro pai, Fukurou TSURUBAMI, Iihiko é derrotado e Shiranui é salvo. No entanto, Fukurou trunfo final, traz a lua caindo em direção à Terra. Medaka pára a lua e desaparece, mas retorna no tempo para a cerimónia de graduação da academia.
Saga lance o buque para o futuro
Saga Epilogo
Dez anos se passaram, ea geração de ouro do Hakoniwa Academy se reúnem no aniversário do desaparecimento Najimi Ajimu. Dois membros em particular, não se viam há vários anos. Medaka Kurokami e Zenkichi Hitoyoshi lembrar de seu passado, discutir o seu presente, e decidir o seu futuro. Obrigado por quatro anos de leitura afetuoso!.