Saga Macao
O primeiro arco, que começa com o primeiro capítulo, se prolonga até uma missão de resgate do membro da guilda, Macao, e se encerra com uma missão de destruir um livro. Neste arco temos revelada apenas o passado de Natsu, mas são introduzidos alguns dos personagens secundários, como Elfman, Loke, Cana e Mirajane.
Saga Day Break
Se inicia com uma missão de destruir um misterioso livro chamado DayBreak que está nas mãos de Duque Everlue. Terminada a missão, quando Lucy, Natsu e Gray (que eles encontraram andando pela floresta) estavam voltando para guilda, são abordados por um grupo de magos refugiados da Eisenwald, mas uma sombra misteriosa os captura antes que eles revelem os planos da Eisenwald. Se encerra com uma misteriosa mulher que seguia até a Fairy Tail.
Saga Lullaby
Erza retorna para Fairy Tail para recrutar Natsu e Gray para ajudá-la a investigar Eisenwald, a Aliança das Trevas proibido pelo Conselho de magia que é até bom. Lucy e Happy também juntar-se o caos.
Saga Einsenwald
Começa com a volta de Erza a guilda, depois de concluir com sucesso uma missão envolvendo a eliminação de um demônio. Ela recruta Gray e Natsu (e portanto, Happy também) para uma missão de dificuldade extrema. Lucy vai junto a pedido de Mirajane. Os cinco tentam impedir os planos diabólicos de um terrível mago conhecido por Shinigami Erigor. O arco se encerra com o sucesso da missão, e a luta de Natsu e Erza encontra-se próxima.
Saga Ilha Galuna
O início é a luta de Natsu e Erza, que é interrompida quase que no mesmo instante em que começa, porque fiscais do Conselho aparecem com uma ordem de prisão de Erza. Natsu tenta tirá-la da prisão sem sucesso, mas ela acaba por ser liberada. Então os personagens Laxus, neto do mestre da guilda Fairy Tail, Makarov, e Mystogan, o mais misterioso e candidato a melhor membro, finalmente aparecem, despertando em Natsu a ambição de realizar missões maiores. Ele, Happy e Lucy fogem da guilda com uma missão de dificuldade máxima, sem a devida autorização. Gray é mandado para impedí-los, mas acaba querendo realizar a missão também. Então cabe a Erza impedí-los. A missão trata-se de destruir a lua, pois ela amaldiçoava as pessoas que viviam na Ilha Galuna. O grupo tenta achar outras maneiras de libertar o cidadãos da maldição, e acabam se encontrando com Lyon, o ex-colega de Gray, que estava tentando ressuscitar o temido demônio Deliora. O passado de Gray é revelado com detalhes nesse arco. O arco se encerra com a auxiliar de Siegrain, Ultear, que se disfarça como um homem perverso do conselho, pegando informações sobre membros da Fairy Tail.
Saga Phantom Lord
Começa com o fim da missão na Ilha Galuna, porque quando o grupo retorna à guilda, depara-se com ela totalmente destruída. Uma guilda rival, a guilda Phantom Lord, havia feito isso. Então a Fairy Tail prepara um plano de vingança, e tenta recuperar sua honra. Nesse arco, conhecemos o passado de Elfman e o passado de Lucy, e são introduzidos os personagens Gajeel (Dragon Slayer do Ferro, não demora a virar mais um rival de Natsu) e Juvia, membra do grupo "Element 4". O arco se encerra com a derrota da guilda Phantom Lord, e com a revolta de Lucy para com o seu pai.
Saga Loke
No rescaldo da batalha de Fairy Tail com Phantom Lord, o passado de Loke lentamente superfícies ...
Saga Torre do Céu
Ex-amigos de Erza de sua infância fazer uma aparição e causar o caos para a equipe mais forte da Fairy Tail, tendo Erza com eles para a Torre do Céu. Lá, Erza e seus amigos devem confrontar Jellal Fernandes, um dos amigos de longa data de Erza enlouquecido. O passado de Erza também vem lentamente em vista.
Saga Batalha da Fairy Tail
Os membros do grupo voltar para casa após a provação angustiante dentro da Torre do Céu e encontrar o seu clã reconstruído melhor do que nunca. Mas esta nova surpresa agradável é interrompida quando Laxus e sua equipe começar uma batalha inter-aliança em si Fairy Tail para que Laxus pode tornar-se o novo mestre de aliança de Fairy Tail. Makarov e Laxus passado vem à vista.
Saga Etherion
Se inicia com pequenas aventuras e desandamentos sem muita importância, mas depois descobrimos o passado de Loke, que na verdade era o Espírito Celestial de Leão, que por ter cometido um crime, não podia voltar ao mundo dos Espíritos Celestiais, e estava morrendo, já que Espíritos Celestiais não podem viver no mundo humano por muito tempo. Após ser salvo por Lucy, ele oferece aos cinco heróis hospedagem grátis em um hotel, para que se divertissem com cassinos e jogatina. Não demora a se envolveram em um grande problema, pois os ex-companheiros de Erza estão por lá, querendo trazer de volta o terrível Zeref usando uma magia chamada Sistema R. Na verdade tudo é culpa do terrível vilão Jellal, que iludiu os ex-companheiros de Erza. O problema é que Jellal também era secretamente o maldoso Siegrain, e assim, Siegrain convence o Conselho a usar uma magia muito poderosa chamada Ethérion (que ajudaria em seus planos para reviver Zeref) além de ser revelado o passado de Erza e de Jellal em si. O arco se encerra com o perdão e o adeus dos ex-companheiros de Erza.
Saga de Laxus
Esse arco começa com a entrada de Gajeel e Juvia para Fairy Tail, o que desperta raiva entre os membros, principalmente Laxus, que arma um plano durante um festival chamado 'Fantasia'. Trata-se de um jogo para fazer os membros da guilda lutarem entre si. O que restasse enfrentaria Laxus, e o vencedor seria o novo mestre da guilda (de acordo com as regras do jogo). Conhecemos o passado de Mirajane e de Laxus em si, além de terem ocorrido grandes lutas: Laxus VS Mystogan e Laxus VS Natsu e Gajeel. É revelado que Mystogan tem o mesmo rosto de Jellal, mas Mystogan diz que não é ele. O arco acaba com o banimento de Laxus da guilda.
Saga Oración Seis
Inicia-se com o relacionamento de Lucy e seu pai se tornando mais harmonioso, mas o que o arco foca é o confronto das quatro melhores guildas do Reino de Fiore (Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale e Cait Shelter) contra uma das organizações mestre das Guildas Criminosas, conhecidas como Oración Seis, que como o nome sugere só tem 6 membros, embora esses sejam muito poderosos. São eles Midnight, Cobra, Hoteye, Angel, Racer e Brain; que tinham como objetivo acordar uma magia ancestral poderosíssima, chamada Nirvana (que havia sido selada há muito tempo atrás pelos fundadores dessa magia). É, também, é descoberta uma nova Dragon Slayer, Wendy, a Dragon Slayer do Céu, que além da magia normal de Dragon Slayer, possui uma habilidade única de cura. O vilão Jellal retorna, porém desta vez é um aliado da aliança das guildas, pois se encontra sem memória, lembrando apenas do nome de Erza e da dor relacionada a ele. O arco termina com a derrota da Oración Seis e a prisão de Jellal, que mesmo estando sem memória e se tornando amigo de todos, quer pagar pelos crimes que cometeu. Além disso, temos a entrada de Wendy e sua "gata" Charle para a Fairy Tail, após descobrirem que a guilda Cait Shelter era apenas uma ilusão criada pelo mestre por causa de Wendy.
Saga Daphne
Uma mulher misteriosa chamada Daphne prende Natsu, Wendy, Happy, e Carla. Ainda mais misteriosamente, cinza parece ter traído a sua aliança a cumprir seus planos malignos.
Saga Edolas
Gildarts, o mago mais poderoso da guilda, retorna, e convida Natsu para ir à sua casa. Lá ele revela sobre o poderosíssimo Dragão Negro, que arrancou seu braço, sua perna esquerda e mais um órgão. Natsu então se vê determinado a encontrar o Dragão Negro, para conseguir informações sobre Igneel. Depois, Mystogan surge para conversar com Wendy, e avisa que a cidade de Magnolia seria devorada por uma magia chamada Anima. Quando isso acontece, apenas Wendy e Natsu ficaram para trás (Charle e Happy também). Assim, eles resolvem entrar em Edolas, um mundo pararelo a Terra (já que o portal de "Anima" ainda estava aberto). Guiados por Charle (que juntamente com Happy nasceu no mundo de Edolas) e acompanhados por Lucy (que foi salva do "Anima" pelo Horologium) eles, vão enfrentar os capitães das divisões de guerra (SugarBoy, Hughes, Erza KnightWalker e Pantherlily) para chegar até o rei de Edolas (Fausto) e descobrir como trazer a guilda e seus membros de volta. Posteriormente, Gajeel se junta a eles, e Erza e Gray também, após serem libertados por Gajeel. Nesse arco também são apresentados os pais de Happy, que, ao contrário dos outros de sua espécie, não vêem os humanos como seres inferiores, e que, apesar de saberem que Happy é seu filho, não contam isso a ele. É revelado que Mystogan é, na verdade, o Jellal de Edolas, e filho do rei Fausto. É revelado também, que Lisanna ainda estava viva. No final da saga, Natsu e seus amigos voltam ao mundo real, juntamente com todos os Exceed, e com Mystogan mandando toda a magia de Edolas para a Terra, deixando Edolas sem magia. O arco se encerra com Mystogan ficando em Edolas para se tornar o novo rei. Além disso temos a volta de Lisanna a Terra e a Fairy Tail, e a entrada de Phanterlily para a Fairy Tail.
Saga da Ilha de Tenrou
Vai acontecer novamente na Fairy Tail a prova para selecionar o novo mago classe S da guilda, os participantes escolhidos foram Natsu, Gray, Juvia, Levy, Kana, Elfman, Fried, e Mest. A prova ocorre normalmente até certo ponto, quando a ilha onde a prova está sendo realizada é atacada pela Grimoire Heart, uma guilda pertencente a aliança Baran e liderada por Hades, segundo mestre da guilda que buscam libertar Zeref. Nisso, Mest se revela um integrante do conselho da magia que está lá apenas pra espionar a Fairy Tail. Diversas batalhas ocorrem na ilha, com destaques pra Erza x Azuma e Gray X Urtear. A primeira batalha citada foi o ponto chave da saga, na qual o futuro de todos dependia dela e a segunda foi um confronto com a Filha de Ur, treinadora de Gray, que queria vingança. A Fairy Tail consegue dar a volta por cima e ir ao confronto contra Hades, nisso Luxus reaparece pra ajudá-los e eles vencem o tão temido segundo mestre, que já havia derrotado Makarov nesse ponto. Tudo parece estar a mil maravilhas para nossa guilda e no meio disso tudo, nos é revelado que Kana é filha de Guildarts. Todos felizes e contentes até então, até o terrível dragão Acnologia, atacar a ilha com um golpe extremamente forte, exterminado tudo no local. A saga acaba com uma presença misteriosa na ilha e os membros da Fairy Tail que estavam na ilha, de mãos dadas esperando o seu “fim”.
Saga X791
Saga Filler que acontece recentemente no anime, os membros que haviam sido exterminados na ilha tenrou voltam sete anos depois, quando foi descoberto que a primeira mestra da Fairy Tail os protegeu de tudo esse tempo todo. Eles se vêem em um novo mundo e muitas descobertas estão por vir. Nisso, é introduzida na série, Michelle, uma prima de Lucy que estava trazendo para ela uma peça misteriosa de um relógio ( Nesse meio termo entre a chegada de Michelle e o retorno da guilda, é descoberto que o pai da Lucy havia morrido), nisso, depois de explorarem um pouco aquilo, a Fairy Tail decide reunir todsa as peças restantes do relógio, achando que estavam fazendo as vontades de Jude... Achando, pois o que eles estavam fazendo era reunir as peças de um relógio que destrói o tempo conhecido pelos humanos e transforma o mundo em um completo caos. Nessa saga é introduzida a Zentopia, um tipo de “convento” onde eles prestam a paz e que dentro disso estava o cardeal Rapowant, que liberta a até então pressa Oracion 6 e a traz de volta a ação. A saga ainda está em andamento com a Fairy Tail confrontando a Oracion 6 e tentando reverter todo o caos do relógio infinito.
Saga Chave para o céu estrelado
Os membros Fairy Tail centrais voltaram, e as coisas parecem ter voltado ao normal. Isso é até que uma misteriosa menina cai pela aliança e traz com ela uma lembrança estranha do falecido pai de Lucy. Quando os rostos antigos e novos surgem a reivindicar esta lembrança para si mesmos, Fairy Tail devem literalmente correr contra o tempo para salvar o mundo.
Saga Torneio de Magia
A Fairy Tail é a guilda mais fraca de Fiore depois do Time Skipe, e pra retornar ser a número 1, eles entram para o torneio da magia, onde as 8 guildas que passarem nas preliminares se enfrentam em provas e batalhas valendo pontos, assim ganhando uma certa pontuação pra decidir qual a guilda número 1. Mais na escuridão desse torneio, temos uma presença misteriosa sentida todos os anos por Jellal( que agora, com suas memórias de volta, ajuda a combater as guildas negras junto com Urtear e Meredy) e um plano conhecido como plano apocalipse, liderado por Arcadios. Muitas coisas ainda estão a se revelar nessa saga que está se mostrando muito interessante até esse momento.
Saga Eclipse dos espiritos estelares
Um dia, os Doze Portões do Zodíaco se recusam a responder à sua convocação. Além de sua aparição repentina e mudança de personalidade, eles quebraram os laços que tinham com os Magos de Espíritos Estelares. Esses rebeldes, que desencadearam uma rebelião, só tem uma coisa que eles procuram, 'liberdade total' 'Na frente de Natsu, Lucy, e muitos outros, que se levantaram para recuperar os títulos, os novos Doze Portões que estão prontos para ficar em seu caminho!.
Saga Vila do sol
Surgindo vitorios no Grande Jogos Magicos e recuperar sua antiga construção, Fairy Tail é bombardeado com inúmeras solicitações de clientes. Um pedido específico que se destaca, no entanto, exige Natsu e Gray ajuda; o cliente ser um Santo Assistente ficou em quarto lugar mais forte, Warrod Sequen. Aceitar o seu pedido, eles cabeça para Sun Village, e são rapidamente confrontados com novos inimigos e ex-inimigos.
Saga de Tartaros
A Guilda escura conhecida como Tartaros faz seu movimento no mundo mágico. Começando com um ataque contra a sede do Conselho de Magico, os Nove Demônios Portas começar rapidamente a execução de seus planos, começando com a eliminação de todo o conselho e muitos outros. No rescaldo, a notícia do evento é rápido para chegar aos ouvidos de Fairy Tail.
Saga Avatar
Um ano após a dissolução da Fairy Tail e posterior desaparecimento de Makarov Dreyar, Natsu e Lucy embarcam em uma viagem longa, a fim de rastrear seus camaradas e reunir a aliança mais uma vez. No caminho, eles encontram aliados e inimigos, novos e velhos. Enquanto isso, nas sombras, um sinistras parcelas organização para preencher o vácuo de poder deixado pelas derrotas e colapso do Balam Alliance, e para preparar o caminho para um mundo novo que pertence a Zeref.
Uma atual saga
Cinco dias após a restauração formal do Grêmio Fairy Tail, os membros começar a construção do seu novo edifício na cratera, onde seu antigo edifício estava uma vez. Sem liderança, os membros propor várias idéias para localizar a Sexta Mestre, Makarov, mas os outros não compartilham o otimismo. Levy finaliza as bases para o re-estabelecimento oficial da guilda, graças a ela, Gajeel e conexões de Pantherlily no Conselho de magia. Desde o paradeiro de Makarov são desconhecidas, Fairy Tail tem que eleger um sétimo mestre para substituí-lo. Enquanto isso, uma briga típica irrompe entre os membros da guilda, até que seja interrompido por um Erza com raiva. Levy rapidamente decide fazer Erza do Sétimo Guild Master, para grande surpresa deste último, ea aprovação de um membro ninguém parecia lembrar: Mest Gryder; que também expressa que só Fairy Tail pode salvar sua Sexta Mestre, que está em uma situação terrível aparente.